Bağırsak mikrobiyotasının, pek çok canlı türünde hastalıklarla ilişkili olduğu düşünülmektedir. Bu konuyla ilgili literatürde yer edinmiş köklü araştırmalar mevcuttur. Bu araştırmalardan bazıları, bebeklik çağından itibaren mikrobiyotanın önemli olduğu ve tüketilen besinler ile çeşitlendiği yönünde sonuçlar ortaya koymuştur (1). Bakteri, virüs vb. birçok mikroorganizmadan oluşan bağırsak mikrobiyotası, beslenme şekli, antibiyotik kullanımı, ya da bebeklik çağında anne sütü alım miktarı gibi pek çok çeşitli faktörden etkilenip şekillenebilmektedir (2).

Yüksek verimli sıralama teknolojileri bir hayli gelişmiş düzeydedir. Yeni nesil dizileme sistemler; filogenetik, teşhis ve ekolojik çalışmalar dahil olmak üzere giderek daha fazla türde deney için vazgeçilmez bir araç haline geldi. Bu sistemler sayesinde, bakterilerin birbirleriyle ve çevreleriyle nasıl etkileşime girdiğini açıklamak oldukça kolay hale gelmiştir (3).

Mikrobiyota Analizi Nasıl Yapılır?

Örnek Alımı ve DNA İzolasyonu

Mikrobiyota analizi için, farklı yöntemler kullanılabilmektedir. Ancak bu yöntemlerin ortak noktası örnek alımı ile başlamasıdır. Eğer genetik olarak içeriğine bakılması planlanıyorsa, popülasyonda bulunan canlıların genetik materyaline ihtiyaç duyulur. Bunun için ortamdan alınan örneklerden DNA izolasyonu yöntemleri kullanılarak, nükleik asit elde edilir.

Yeni Nesil Dizileme Sekans Analizi

Elde edilen nükleik asit örneklerin agaroz jelde yürütme veya spektrofotometrik yöntemler ile kalitesi incelenir. Yeni nesil dizileme yöntemleri için yeterli miktarda ve kalitede DNA olması durumunda, sekans analizi ile genetik açıdan çeşitliliğine bakılabilir. Sekans analizi için farklı NGS sistemleri kullanılabileceği gibi, Genoks’tan Sekans Hizmet Alımı da yapılabilir.

Sekans hizmetlerimizi ve sunmuş olduğumuz avantajları incelemek için: genoksteknoloji.com.tr/sekans-hizmetlerimiz

Biyoenformatik Analiz

Mikrobiyota analizi için yeni nesil dizileme yöntemleri kullanmanız durumunda, elde edeceğiniz ham veriyi birleştirmeli ve çeşitli veri tabanları yardımı ile karşılaştırmalısınız. Karşılaştırmadan elde edeceğiniz sonuç, örneğiniz içerisinde yer alan canlı çeşitliliği hakkında size yardımcı olabilir. Elde edeceğiniz verilerde örnek içerisinde yer alan bakteri gibi mikrobiyolojik canlıların yüzdece ne sıklıkla bulunduğunu görebilirsiniz.

Veri Karşılaştırma ve Çeşitli Analizler

Biyoenformatik analiz aşamasından sonra elde edilen veriler; beslenme alışkanlıkları, hastalıklar, yaş faktörü gibi farklı kategoriler içerisinde incelenebilir ve elde edilen verilerden yararlanılarak proje ile ilgili sonuca varılabilir.

Kaynaklar:

  1. Rabiye GÜNEY, Nursan ÇINAR, Anne Sütü ve Mikrobiyota Gelişimi, 2017
  2. Aslıhan Özdemir , Zehra Büyüktuncer Demirel, Beslenme ve Mikrobiyota İlişkisi, 2017
  3. https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0167701213002741