Biyolojik süreçleri vurgulamak için basit, ancak son derece yaygın olarak kullanılan bir sistem biyolojisi tekniği, gen kategorili aşırı temsil analizidir. Bu analizi gerçekleştirebilmek için, genler bazı ortak biyolojik özelliklere göre kategorilere ayrılır ve daha sonra farklı şekilde ifade edilen genler arasında aşırı temsil edilen kategorileri bulmak için test edilir. Gene Ontoloji (GO) kategorileri bu teknikte yaygın olarak kullanılmaktadır ve GO analizi yapmak için birçok araç mevcuttur.

Örneğin;

  1. ShinyGO
  2. EasyGO
  3. GOminer
  4. GOstat
  5. GOToolBox
  6. topGO
  7. GSEA
  8. DAVID

gibi araçlar kullanarak ilgili analizleri yapabilirsiniz. Özellikle, tüm genlerin bağımsız olduğu hipotez altında diferansiyel ekspresyon olarak seçilme olasılığının eşit olduğu varsayılır. İlgili araçlar yardımıyla;

  1. Biyolojik Proses
  2. Moleküler Fonksiyon
  3. Hücresel Bileşen

başlıkları altında analizi yapılır.

Farklı Şekilde İfade Edilen RNA’ların Tespiti

Standart bir analiz kullanıldığında, uzun genleri içeren herhangi bir gen ailesi, ortalama uzunlukta genlere sahip bir gen ailesinden daha fazla ifade edilmiş olarak tespit edilebilir. Benzer şekilde, yüksek oranda eksprese olan genlere sahip ailenin, görece daha az miktarda eksprese olan gen ailesine göre daha daha yüksek ekspresyon seviyesine sahip tespit edilme olasılığı çok daha yüksektir. Farklı şekilde ifade edilen genler arasında, gen ailesinin istatistiksel testinde seçim yanlılığının etkisini telafi etmek mümkün olabilir.

Kaynaklar:

  1. Matthew D Young, Matthew J Wakefield, Gordon K Smyth and Alicia Oshlack., Gene ontology analysis for RNA-seq: accounting for selection bias