KEGG haritalama, moleküler nesneleri (genler, proteinler, küçük moleküller vb.) Moleküler etkileşim / reaksiyon / ilişki ağlarına (KEGG yol haritaları, BRITE hiyerarşileri ve KEGG modülleri) eşleme sürecidir. Bu basit bir zenginleştirme süreci değildir; daha ziyade yeni bir küme oluşturmak için ayarlanmış bir işlemdir. KEGG projesinin başlangıcından itibaren temel fikir, manuel olarak açıklanmış genom verileri ile manuel olarak oluşturulan yol haritaları arasında ayarlanan işlemle, organizmaya özgü yolları otomatik olarak oluşturmaktır. Bu nedenle, KEGG haritalama seti operasyonu KEGG bilgi tabanını genişletmek için önemli rol oynamıştır. KEGG’de üç temel haritalama işlemi vardır:

  1. Yol haritalama
  2. Brite haritalama
  3. Modül eşleme

KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes), genomik, kimyasal ve sistemik fonksiyonel bilgileri entegre eden biyolojik sistemlerin halka açık yolla ilgili ana veritabanıdır. KEGG yolağı analizleri KEGG veri tabanı (http://www.genome.jp/kegg/) aracılığı ile yapılır.

KEGG pathway veritabanı; metabolik yollar, sinyal yolları, çeşitli hücresel süreçlerde ve organizma sistemlerinde yer alan yollar ve hastalıklarla ilişkili karışık yollar için KEGG pathway maps adı verilen manuel olarak çizilen grafik diyagramların bir koleksiyonudur. RNA Transkriptom analizlerinde analiz edilerek sunulan bir rapor içeriğidir. Pathway maps tanımlayıcısı şu biçimi alır:

<önek> <beş basamaklı sayı>

Edge Color Key

Kırmızı: Etkinleştirme veya İfade *

Turuncu: PTM’yi Etkinleştirme **

Yeşil: PTM (aktivasyon / inhibisyon aktivitesi tanımlanmadı)

Mavi: Engelleme

Mor: PTM’yi Engelleyen

Siyah (düz): Bağlama / İlişkilendirme

Siyah (kesikli): Dolaylı etki (aktivasyon / inhibisyon aktivitesi tanımlanmadı)

* Kesikli renkli çizgiler, efektin dolaylı olduğunu gösterir

** PTM = çeviri sonrası modifikasyon veya KEGG’nin tanımladığı şekliyle ‘moleküler olaylar’.

  • Belirli PTMS türleri (kenar etiketi ile gösterilir) şunları içerir:
    • + p: fosforilasyon
    • -p: defosforilasyon
    • + g: glikosilasyon
    • + u: her yerde bulunma
    • + m: metilasyon

Orijinal KEGG yolu görüntüsünün, Cytoscape’de oluşturulmayan hücresel bileşen sınırlamaları ve belirli kenarlar (özellikle genleri diğer yollara ‘bağlayan’) gibi görsel öğeler içerdiğine dikkat edin. Bunlar, yol topolojisinin açıkça bir parçası olmayan (yani düğümleri bağlayan düğümler veya kenarlar olmayan) veya KGML dosyasında sabit kodlanmamış özelliklerdir. Düğüm etiketleri, haritalar arasında da farklılık gösterebilir (karşılık gelen bir “etiket” yuvası olmadığından, KEGGlincs düğümleri ilgili KGML yuvasındaki ilk “takma ad” olarak etiketler).

Kaynaklar:

  1. https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/KEGGlincs/inst/doc/Example-workflow.html