Transkriptom ifadesi, transkript ve genom kelimelerinin birleşiminden gelmektedir. Yaşam bilimleri ve teknoloji alanlarında bir genom ölçeği olarak yapılan çalışmaları belirtmek için, sonuna, neolojizm kullanılarak; “-om” veya “-omiks” ekleriyle getirilmektedir. Sonuç olarak, “Transkriptom” ve “Transkriptomik” kelimeleri genom ve proteom ile birlikte ortaya çıkan ilk kelimelerden biridir (1).

Geçmiş yıllarda, ipek güvesi mRNA‘sı için cDNA kitaplığı sunan bir çalışma yapılmıştır (2). Bir organizmanın transkriptomundan bahseden ve araştıran ilk ufuk açıcı çalışma 1997’de yayınlandı ve gen ekspresyonunun seri analizi (SAGE) kullanılarak S. cerevisiae’de ifade edilen 60.633 transkriptini ifade etmiştir (3). Yeni nesil dizileme teknolojilerinin çıkışı ve 2. nesil cihazlar aracılığıyla üretilen dataların analizi için biyoenformatik alanının gelişmesiyle birlikte, yüksek miktarlarda oluşan verilerin analiz edilmesini ve okunan fragmanların karakterize edilerek sınıflandırmasını mümkün kılmıştır (3). Bu durum daha sonraları 1980’ler ile başlayan DNA dizileme çalışmalarının gelişmesine hız kazandırdı ve 1990’lardan sonra süre gelen ekspresyon analiz çalışmalarına popülerlik kazandırmış ve bugünkü adıyla “Transkriptom Analizi” ifadesinin temellerini atmıştır.

Günümüzde klinik alanda epigenetik açıdan incelenen ekspresyon düzeylerinin analizini konu alan transkriptom RNA dizileme, araştırma ve geliştirme alanında da oldukça popüler olan bir konudur. Çalışma için mikrodizi analizi tercih edilebileceği gibi, yeni nesil DNA dizileme teknolojilerinden de zaman zaman yararlanılabilmektedir.

Transkriptom RNA analizi yaptırmayı düşünüyorsanız, buradaki sayfamızı inceleyebilir veya bizimle iletişime geçebilirsiniz.

Transkriptom Analizi Nerelerde Kullanılır?

Transkriptom RNA dizileme yöntemi, gen ekspresyon seviyelerinin ölçümü için oldukça sık başvurulan yöntemlerdendir. Klinikte ve araştırma geliştirmede yaygın bir şekilde kullanılan bu yöntem, bazı hastalıklar ile ilişkili olan genlerde mutasyon olmamasına rağmen belli proteinlerin ifade edilememesi veya yeterli miktarlarda sentezlenememesini araştırmak için epigenetikte kullanılabilmektedir.

Farmokogenetik alanda da zaman zaman transkriptom analizlerine ihtiyaç duyulmaktadır. Örneğin yeni kullanılmaya başlanması planlanan etken maddelerin, denekler üzerindeki protein sentezlerine etkilerinin araştırılmasında yaygın olarak tercih edilmektedir.

Transkriptom RNA dizileme yöntemi, diyabet gibi hormonal hastalıkların nüksetmesi durumunda ne gibi rahatsızlıkları beraberinde getirebileceğini önceden tespit etmek ve önlem almak amacıyla tıp alanında da kullanılabilmektedir. Kanser başta olmak üzere, enzim ve protein ağırlıklı hastalıklarda tedavi yolu geliştirmek veya uygulanacak olan tedaviyi belirlemek için de başvurulabilecek yöntemlerden bir tanesidir.

Kaynaklar

  1. Jiménez-Chillarón, Josep C .; Díaz, Rubén; Ramón-Krauel, Marta (2014). “Bölüm 4 – Metilasyon ve Histon Modifikasyonlarının Genom Çapında Analizi için Omik Araçlar”. Kapsamlı Analitik Kimya. 64: 81–110. doi:10.1016 / B978-0-444-62651-6.00004-0. Erişim tarihi: 25 Nisan 2020.
  2. GK, Sim; FC, Kafatos; CW, Jones; MD, Koehler; A, Efstratiadis; T., Maniatis (Aralık 1979). “Koryon multigen ailelerinin evrimi ve gelişimsel ifadesi üzerine çalışmalar için bir cDNA kitaplığının kullanılması” . Hücre . 8 (4): 1303–16. doi : 10.1016 / 0092-8674 (79) 90241-1 . PMID 519770 .
  3. E Velculescu, Victor; Zhang, Lin; Zhou, Wei; Vogelstein, Jacob; A Basrai, Munira; E Bassett Jr., Douglas; Hieter, Phil; Vogelstein, Bert; W Kinzler Kenneth (1997). “Maya Transkriptomunun Karakterizasyonu”. Hücre . 2 (88): 243–51. doi : 10.1016 / S0092-8674 (00) 81845-0 . PMID 9008165 . S2CID 11430660 .