Trinity

Trinity, RNA-seq verilerinin de novo transkriptom assembly için bir araçtır ve üç modülden oluşur: Inchworm, Chrysalis, ve Butterfly

Algoritma, de Bruijn grafiklerini, dinamik programlama yöntemini kullanır, izoformları algılayabilir, eşleştirilmiş uç okumaları, çoklu uç boyutlarını ve sarmallığı işleyebilir. Çalışma süresi, grafik dallarının sayısıyla ilgili olarak üsteldir.

İşlem: Transkriptom montajı

Giriş: FASTQ

Çıktı:

Yazılım arayüzü: Komut satırı kullanıcı arayüzü

Dil : Java; C ++

İşletim sistemi: Linux

Lisans: Diğer Maliyet: Ücretsiz

Trinty’e Giriş

Broad Enstitüsü ve Kudüs İbrani Üniversitesi‘nde geliştirilen Trinity, RNA-seq verilerinden transkriptomların verimli ve sağlam de novo yeniden yapılandırılması için yeni bir yöntemi temsil ediyor. Trinity, üç bağımsız yazılım modülünü birleştirir: Inchworm, Chrysalis ve Butterfly, büyük hacimlerde RNA-sekans okumalarını işlemek için sırayla uygulanır. Trinity, sekans verilerini, her biri belirli bir gen veya lokustaki transkripsiyonel karmaşıklığı temsil eden birçok ayrı de Bruijn grafiğine böler ve daha sonra, tam uzunluktaki birleştirme izoformlarını çıkarmak ve paralog genlerden türetilen transkriptleri ayırmak için her grafiği bağımsız olarak işler. Kısaca süreç şu şekilde işliyor:

  • Inchworm , RNA-seq verilerini benzersiz transkript dizileri halinde birleştirir, genellikle baskın bir izoform için tam uzunlukta transkriptler üretir, ancak daha sonra alternatif olarak splays edilmiş transkriptlerin yalnızca benzersiz bölümlerini bildirir.
  • Chrysalis , Inchworm gruplarını kümeler halinde kümeler ve her küme için tam de Bruijn grafikleri oluşturur. Her bir küme, belirli bir gen (veya ortak dizileri paylaşan gen kümeleri) için tam transkriptonal karmaşıklığı temsil eder. Chrysalis daha sonra tam okuma kümesini bu ayrık grafikler arasında bölümler.
  • Butterfly daha sonra bireysel grafikleri paralel olarak işler, okuyan ve okuma çiftlerinin grafiğin içine aldığı yolları izler, sonuçta alternatif olarak eklenmiş izoformlar için tam uzunluktaki transkriptleri rapor eder ve paralog genlere karşılık gelen transkriptleri birbirinden ayırır.

Kaynaklar

  1. https://bioinformaticshome.com/tools/rna-seq/descriptions/Trinity.html
  2. https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/wiki